Sekolah Islam Terpadu juga menekankan keterpaduan dalam metode pembelajaran sehingga dapat mengoptimalkan ranah kognitif, afektif dan konotif. Implikasi dari keterpaduan ini menuntut pengembangan pendekatan proses pembelajaran yang kaya, variatif dan menggunakan media serta sumber belajar yang luas dan luwes. Metode pembelajaran menekankan penggunaan dan pendekatan yang memicu dan memacu optimalisasi pemberdayaan otak kiri dan otak kanan. Dengan pengertian ini, seharusnya pembelajaran di SIT dilaksanakan dengan pendekatan berbasis (a) problem solving yang melatih peserta didik berfikir kritis, sistematis, logis dan solutif (b) berbasis kreativitas yang melatih peserta didik untuk berfikir orsinal, luwes (fleksibel) dan lancer fan imajinatif. Keterampilan melakukan berbagai kegiatan yang bermanfaat dan penuh maslahat bagi diri dan lingkungannya.